埃斯比约vsAB格莱萨克瑟单双预测（比埃斯斯）
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rnaseq数据分析
1、在进行Bulk-RNAseq数据分析时，首要步骤是使用STAR和Rsubread软件进行比对和定量，最终目的是获取counts文件。首先，需要在服务器上安装Anaconda，然后下载并安装STAR。在安装成功后，需要构建基因组索引文件，这需要提供基因组的fa文件和注释的gtf文件。通过输入命令，可以构建所需的索引文件。
2、在进行RNA-seq分析处理的上半部分，首先需要了解测序文件的准备，包括fastq格式的序列文件。这些文件包含了来自Illumina测序平台的双端测序数据，每个样本对应两个文件，即seq_fastq.gz和seq_fastq.gz。
3、RNA-seq（RNA测序）是一种先进的转录组研究技术，它利用高通量测序平台来直接测量细胞中的RNA分子数量。这种技术能够提供关于基因表达的定量信息，包括未知基因的发现、已知基因的表达水平变化、以及可变剪接事件等。
4、fastq文件的格式为*.fastq，存储了测序数据。文件中包含了每个测序读取的碱基质量和质量得分，通过特定的编码方法表示碱基的准确度。质量得分通过计算误差概率得到，以确保数据质量和可读性。在进行实验前，需要准备注释文件和基因组文件，这些文件将帮助后续的分析工作。
5、转录组测序（bulk RNA-Seq）的详细分析流程转录组测序分析分为两个主要阶段：上游数据处理和下游数据分析，它们各自包含一系列步骤以揭示基因表达的深度洞察。上游数据处理首先，进行质量控制，通过fastqc和multiqc评估数据的准确性和可靠性，关注序列长度分布和测序错误率等指标。
6、在比对完成后，产生了关键的.bam文件，通过分析这些文件，可以获取比对信息。如需提取所有样本的比对日志，利用for循环即可完成。最后，使用Rsubread进行比对与定量分析，尽管在服务器上遇到了一些bug，但通过在本地运行R程序解决了这一问题。
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